HPV感染导致尖锐湿疣发病的过程有两种观点：一种观点认为是基底细胞增生活跃所致；另一种观点则认为基底细胞增生速度正常，但因细胞成熟延迟使表皮细胞不能及时成熟角化脱离而导致细胞堆积呈现“增生样”改变。

       有学者在实验中观察到了HPV感染后基因转录、组织变化及尖锐湿疣发生的全过程。Stoler等用HPVll型感染人包皮组织后移植到裸鼠肾包膜下，以后每2周取少许异种移植物的活体组织，共进行14周。将所取活体组织经福尔马林固定，石蜡包埋，连续切片后在光镜下观察形态改变，并用免疫组织化学方法检测HPV抗原，用3H标记的RNA探针进行原位杂交检测病毒DNA的复制以及几种主要mRNA的转录。结果发现在移植后第4周，首先出现E4、E5的转录。在第6~8周，其他早期区基因也有转录。在第6周，移植物发生急剧的变化，细胞增生，病毒DNA复制，E区和L区mRNA转录旺盛直至平台期。在第10～12周，实验性尖锐湿疣就在外形和组织学上已经与天然发生的尖锐湿疣不能区别，表现在表皮棘层增厚、颗粒层明显的透明角质层蛋白，棘层和颗粒层有凹空细胞，有的可见核内嗜碱性包涵体。这些结果表明尖锐湿疣的细胞高度增生和形态学特征是病毒基因活性的直接结果。HPVll的E区转录随细胞存活期及细胞分化不断增加，并持续于整个实验过程中，这一点不同于其他DNA病毒，尤其是编码E4和E5的mRNA保持相当丰富的含量。相反，病毒DNA复制，L区mRNA的合成，HPV抗原的产生仅限于分化良好的表皮层角朊细胞，故有学者推测可能有一种角朊细胞特异性因子是HPV增殖所必须的。

       最近，罗迪青等拟从细胞凋亡角度来探讨尖锐湿疣的发病过程，并研究了31例尖锐湿疣患者的尖锐湿疣组织中p53及Bcl—2两种蛋白的表达，同时设对照组比较。结果：p53及Bcl-2蛋白阳性表达细胞主要集中在基底层细胞中。p53位于胞核，表达率为67.7％(2t／31)，Bcl-2位于胞浆，表达率为41.9％(13／31)。而对照组全部为阴性。研究者认为p53和Bcl-2均为人类正常细胞具有的基因。在尖锐湿疣中，因HPV感染使p53及Bcl-2基因表达功能改变，其产物过表达。p53的突变，刺激和促进了HPV感染细胞的增生，而Bcl-2过表达则使细胞寿命延长，两者的协同作用促进了尖锐湿疣中的细胞增生。鉴于在尖锐湿疣发病的初期HPV阳性细胞主要集中在基底细胞层，故Bcl-2及p53蛋白阳性表达细胞也主要集中在基底细胞层，表明尖锐湿疣的产生过程可能是HPV感染基底细胞引起细胞凋亡异常，导致细胞不正常增生所致。刘彤等用免疫组化SP法检测30例尖锐湿疣损害中转化生长因子a(TGFa)的原位表达，并与20例健康男性正常包皮组织作为对照。结果两组TGFa表达阳性率相同，尖锐湿疣组TGFct表达阳性者中的表达程度显著高于对照组，其过度表达率也明显高于对照组。这一研究结果表明尖锐湿疣组织细胞可合成与分泌较多的TGFa，它在其发病中作为中间介质发挥致细胞增生的作用。

       在尖锐湿疣发病过程中，除了HPV外，被HPV感染者机体免疫功能改变在尖锐湿疣发生中也起着十分重要的作用，如患者血清白介素2水平低下，使其诱生自然杀伤细胞活性功能降低，导致溶解和破坏HPV感染靶细胞能力下降而引起尖锐湿疣发病(参见第七章尖锐湿疣免疫学)。也有学者研究发现女性雌激素水平增高参与尖锐湿疣的发病过程。崔满华等用免疫组织化学染色法(采用ABC法标记，半定量分析法判断结果)检测了48例女性尖锐湿疣患者(孕妇尖锐湿疣17例，非孕妇尖锐湿疣31例)尖锐湿疣组织中雌激素受体(ER)，并与11例正常妇女外阴组织对照。结果尖锐湿疣组织中ER几乎全部阳性，孕妇较非孕妇尖锐湿疣的ER着色强度和阳性细胞比例都强和高；阳性颗粒主要分布在表皮的颗粒层和棘细胞层上2／3的胞核和／或胞浆内，正常外阴组织中ER阳性很少。其结果说明尖锐湿疣是ER依赖组织，而ER的分布特点恰好与组织学上的凹空细胞以及免疫组化和原位杂交显示的病毒颗粒存在的部位相吻合。这一结果表明雌激素是HPV致病的重要辅助因子之一，雌激素与尖锐湿疣的发病有关。